南京大学软件工程实验教学中心非常重视基础教学实验室的建设。现有基础教学实验室23个，可以同时容纳980人进行基础教学实验。

实验教学中心为三年级以上本科学生和研究生每人配备一台专用计算机用于教学实习，为一、二年级本科学生设置普通教学实验室，按照每三人一台计算机的数量进行配备。实验教学中心网络采用千兆以太网为主干，通过百兆光纤专线直接接入因特网。每个教室和实验室均配有多媒体教学设备和空调。

基础教学实验室每周对本院本科生、研究生实行免费、不限机时开放，每天从早上8:00开放到晚上22:30。校内外其他专业的学生如需使用，可以向实验教学中心书面申请，并按照规定上机实验。