实训的一个重要目的是消除学生从学校到企业的鸿沟，办公环境的差异是学校实验室和软件企业的重要不同之处。南京大学软件工程实验教学中心为了向学生提供模拟的企业环境，设置了软件工程实训基地。基地设计时参考国际优秀软件公司办公环境，着重考虑给予学生们以团队为单位的安静、独立并便于交流沟通的软件开发环境。

实验教学中心现有鼓楼、仙林两个校内软件工程实训基地，分别可以容纳12组和11组开发团队。每个实训基地均为开发团队提供了独立的团队开发环境，该开发环境有独立的围挡进行隔离。同时，基地提供了丰富的办公资源（沙发、打印机、白板、投影、会议室等）。

实验教学中心每年暑期均会举办“卓越软件工程师暑期训练营”，对学生团队进行实训。该实训计划分为PSP实训、计划驱动软件开发实训、敏捷软件开发实训三种形式，每年培训人数超过280人。其中，PSP实训依托中心与美国卡耐基梅隆大学软件工程研究所共同建立在中心的SEI全球考试认证中心开展。

此外，实验教学中心还与知名软件企业合作向学生提供企业实训，近年来先后与东软、中软合作对学生进行了多期企业实训。